整个空间中最醒目的元素就是由彩绘玻璃装饰的空间和玻璃窗格。绿色、蓝色、橙色和红色的方形玻璃拼成的隔板，插入人字形衡量之间，以及楼梯空间的两侧，表现出现有木质结构的几何形状，同时彩色玻璃窗格也暗示着这里过去作为一座教堂的历史。

彩绘玻璃镶嵌画在罗马式时期已开始使用，但由于该建筑的窗户面积较小，因此没有明显的装饰效果；当圣德尼教堂开始建造时，窗户的面积大大增加，这是因为苏热要求教堂内有连续的彩色光线，玻璃画便成为哥特式艺术的组成部分
彩色玻璃窗的使用在12世纪中叶得到了普及，圣丹尼斯的修道院院长苏格被称为“彩色玻璃之父”，因为是他首次概念化地使用彩色玻璃窗来创造一种“天堂之光”，被视为上帝在教堂中的存在
英国哥特式教堂的高耸立面与玻璃设计相结合，风格独特而鲜明。而玫瑰窗从相对简单的窗户发展而来，圆形的窗户嵌入彩色玻璃绘画，透光形式绚丽。彩绘玻璃花窗作为教堂采用的一种重要的布道方式，通过人物形象的描绘，向广大识字率低的民众传达《圣经》故事以及历史传奇。