教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

这些彩色玻璃画并非由一整片玻璃构成，而是由几百个小彩色玻璃组合而成，这些小玻璃是通过加入诸如锰或钴一类的化学剂而成的，这种玻璃保持着半透明状态，根据所添加的材料的不同，呈现不同的颜色，在中间用铅线连接在一起，构成教堂中的彩色玻璃画
大教堂是为上帝而建造的，这座古老建筑的每一个细节，从精美的手工石头，到无与伦比的中世纪彩色玻璃，都在讲述着耶稣基督的故事，也充满了各样的见证。
彩绘玻璃镶嵌画在罗马式时期已开始使用，但由于该建筑的窗户面积较小，因此没有明显的装饰效果；当圣德尼教堂开始建造时，窗户的面积大大增加，这是因为苏热要求教堂内有连续的彩色光线，玻璃画便成为哥特式艺术的组成部分