教堂的另外一个重点是彩色玻璃，在教堂内的彩色玻璃都非常特别，用玻璃制作图像台凸显出圣经里的人物或是故事，如为基督教徒会被这里的彩色玻璃所吸引，在教堂内部总共有56个玻璃窗，31个圆形的玫瑰图案以及25个彩色幅彩色玻璃窗的精美图案，但是在这56个玻璃窗只有4个是最完整无瑕的，其它的玻璃窗都是在1949-1951由当地主教的居民进行一些整修，而这些彩色玻璃窗都是由法国沙特尔省的LorinFirm所制造。

现如今，彩色玻璃已不是教堂的专属，它走近了大众，许多富户选择它来装点自己的家，这是很明智的选择。这些幻境般的彩色玻璃也叫炫彩玻璃，当日光照射玻璃时，形成五彩斑斓、灿烂夺目的幻境效果。而当夜幕隆临，从建筑内部放射出的彩色光芒，更是景象万千，让人不禁驻足欣赏。现在，炫彩玻璃不仅出现在教堂，也在许多建筑和大型会所、别墅中得以应用，形成别致的一道风景线,?让人叹为观止!
彩绘玻璃简单而言就在让玻璃作为画布，选用特殊的染料，绘画之后采用低温技术烧制而成，因此成就了彩绘玻璃的多种纹理和色调。其实它不仅局限于类似哥德式教堂类的大建筑，经过现在技术的创新，它已经在各式空间中通用。现代餐厅、博物馆、酒店、工作室等建筑物的墙面、吊顶装饰，小到可以作为隔断、玄关的隔屏、灯具装饰，这些都能通过光的照射，为其空间带来意想不到的视觉盛宴。
大教堂是为上帝而建造的，这座古老建筑的每一个细节，从精美的手工石头，到无与伦比的中世纪彩色玻璃，都在讲述着耶稣基督的故事，也充满了各样的见证。
在餐厅的设计中引入了观光的概念。室内是澳门现代化和历史的缩影。私人餐厅“TATO”的设计灵感来自地标性建筑澳门塔。餐厅柜台呈半圆形，围绕着一根柱子，形成类似于观景台的结构。柱顶延伸至天花板并向外辐射，形成象征天空的空中图案。另一方面，主餐厅则是对澳门历史的一种揭示。圣保罗遗址、议事亭前地、葡式瓷砖、教堂彩色玻璃等建筑遗迹是关键的装饰元素。
我们印象中的彩绘玻璃的效果也许都是各大教堂、宗教建筑物的，图案大多数是华丽复杂的，但是经过现代技术的创新，已经有很多简洁、大方、优雅、丰富亮丽的图案可以选择，它可以完全驾驭现代时尚风，简欧，地中海等等工作室、酒店等商务化建筑装修风格，彩绘玻璃足以创造出赏心悦目的整体和谐的视觉感觉，营造出现代特有的浪漫情调。